關於奇門遁甲的起源，在道教古籍《秘藏通玄變化六陰洞微遁甲真經》、《軒轅本紀》、《奇門遁甲思維導圖》《神機制敵太白陰經》、《煙波釣叟歌》等多有記載，大致為當年蚩尤作亂，黃帝頻戰不克，九天玄女授奇門遁甲術於軒轅黃帝，助黃帝以滅蚩尤，以此來推，奇門遁甲至今已有五千餘年的歷史。
『黃帝』可以說是中國歷史上第一個用武力統一中原的原始社會領袖。
黃帝與蚩尤的戰爭，在司馬遷《史記》中即有記載：『諸侯咸歸軒轅，一蚩尤作亂，不用帝命，於是黃帝乃征師諸侯，與蚩尤戰於涿鹿之野，遂禽殺蚩尤。
之後天下有不順者，黃帝的而征之，平者去之』司馬遷是史學家，但又對星占、卜筮等術數學以及對神的祭祀與崇拜有極大的興趣。
在《史記》中專辟兩篇論術數之學《史記·日者列傳》和《龜策列傳》。
但在記述黃帝與蚩尤的戰爭時，卻沒有絲毫神話口吻。
黃帝以戰爭統一了中原，堪稱中國歷史上第一位軍事統帥。
後人把奇門遁甲的發明權放在了黃帝的盛名之下，其目的是要把奇門遁甲抬高為治國安邦、行軍佈陣之術。
