傳說在四千六百多年以前的上古時期，黃帝的部落(以黃河流域為主)跟蚩尤的部落大戰於涿鹿之野，雙方打了一年多，不分勝負。
黃帝苦悶填心，憂心如焚。
一天夜裡，忽然夢到了九天玄女娘娘。
九天玄女娘娘對他說：你要戰勝蚩尤，必須找到九星運轉時倒映於地上的奇點和吉門。
用背孤擊虛之法，可大獲全勝。
九天玄女娘娘在教給他一些秘訣後，便飄然離去。
黃帝醒來，馬上將這些秘訣整理成書，就是《奇門遁甲》，又選了一個吉日良辰，修了一個很大的高臺，於臺上致祭，正式啟用『奇門遁甲』。
祭祀完後，黃帝就用『奇門遁甲』之方法，對蚩尤進行全面反攻。
交戰中蚩尤作法興起了漫天大霧，企圖利用大霧的幫助來消滅黃帝。
而黃帝在『奇門遁甲』的指導下，馬上辨清了方向，又用背孤擊虛之法，從生門打向死門一舉戰勝蚩尤。
此後黃帝把『奇門遁甲』視為至寶，為了長久保存，便命風後把它刻到甲骨上。
這風後也是知天文，曉地理，通算術，明陰陽的行家。
她在太極生兩儀，兩儀生四象(春、夏、秋、冬)的啟發下，將黃帝的一時一局改為了四時一局。
她用四個時辰來象征一年中的四個季節，把四千三百二十局，刪成了一千零八十局。
一千零八十局中，又分為陽遁五百四十局和陰遁五百四十局。
這就是『奇門遁甲』歷史上的第一次改革。
到了商朝末年，有一個叫薑子牙的人於昆侖山上學得此術，下山後看到商朝天子紂王無道，塗炭生靈，殘害百姓，人民生活在水深火熱之中，而周室興隆之氣漸現，於是就用『奇門遁甲』去輔佐周室武王。
他運用星門變換、踏罡步鬥和神遁法門(九天、丙、生門)等方法，幻化時空，改死為生，從而達到了推翻商朝建立周朝的目的。
薑子牙在『奇門遁甲』的運用中，覺得一千零八十局還太繁鎖，於是又把它跟一年中的七十二侯聯系起來，改一千零八十局為七十二局，這就是『奇門遁甲』歷史上的第二次改革。
到了秦朝末年，一個叫張良的青年人，有一次經過下邳的圯上，遇一老者坐於其上，而鞋子卻掉到橋下去了，老者很不禮貌的對張良說：『小子，快給我把鞋子撿起來！』張良待要發怒，見是一老者，隻得把怒氣忍了下去，怏怏地走到橋下幫老人撿起了鞋。
老者又傲慢地對他說：『穿上！』張良再一次強忍著不平之氣為其穿上。
老者起身揚長而去，但去不數步，卻又折轉身來對張良說：『後五日平明在此等我』五日後的平明張良趕到約會地點，老者已先到了。
老者見張良晚於他，非常生氣地說：『與老人約會，為什麼滯後？
五日後再會』五日後雞尚未鳴，張良便來到了約會地點，可老者又先到了。
老者再次生氣地說：『這一次又晚於我，為什麼？
後五日再會！』這次還沒到半夜，張良就趕到了約會地點。
老者也隨之趕到，並從懷中取出一本書來送給張良說：『讀了此書，可以作帝王之師;可以幫助有帝王氣慨的人建立新的朝代……』這本書就是『奇門遁甲』。
張良憑著自己的刻苦精神和聰明才智，很快就把『奇門遁甲』的原理弄通了。
他感到『奇門遁甲』局數雖多，卻跳不出洛書九宮之數，因此也對『奇門遁甲』進行了一次刪改。
他把薑子牙的七十二局減到了十八局，在十八局中再分陰九局和陽九局，使『奇門遁甲』的佈局更為精當，這就是『奇門遁甲』歷史上的第三次改革。
張良後來在幫助漢高祖劉邦推翻秦朝、平定諸候、戰勝項羽的過程中，最常用的就是天遁、地遁和三奇並進之方法。
三國時，曹操率百萬大軍攻打東吳，雙方戰艦分列於長江兩岸。
東吳大將軍周瑜想用『火』來攻克對方，而用火攻就必須要有東南風，隆冬之時，又哪裡有東南風呢？
因此周瑜憂慮成疾一病不起。
諸葛亮前來探病，對周瑜說：『亮雖不才，曾遇異人，傳授奇門遁甲天書，可以呼風喚雨。
都督若要東南風時，可於南屏山建一臺，名曰七星壇……』周瑜聽完隨即病好，火速於南屏山上建起一臺。
此臺高九尺，作三層。
諸葛亮用一百二十名士兵守護，於臺上按二十八宿的方位屬性樹起青、紅、白、黑二十八面旌旗，又佈以八門、八卦、九星，然後踏罡步鬥，仗劍念咒，趨使六丁六甲，終於幫周瑜借來了東南大風，使其順利的戰勝了曹操的百萬雄兵……。
諸葛亮一生貫用『奇門遁甲』，到死之時還想用『奇門遁甲』借壽，不料被魏延撞翻了七星燈而未成。
中國的先人用『奇門遁甲』建邦立國的例子太多了，如：唐朝的徐茂公，明朝的劉伯溫等等…… 都是用『奇門遁甲』來行兵打仗奪取江山的，所以『奇門遁甲』倍受帝王喜愛，並珍藏而暗習之，『奇門遁甲』也因此被稱作帝王之學。
在中國幾千年的歷史長河中，『奇門遁甲』術在選擇傳人時非常地慎重和嚴謹，一般是單傳和秘傳。
有的師傅把此書藏於山洞之中，待百年後的有緣人得而習之。
社會上流傳的『奇門遁甲』訛本較多，真本難得，少數真本也是錯誤百出，使學者難登堂奧，隻得望洋興嘆！
『奇門遁甲』開始主要用於行兵打仗，即如何佈奇門以打敗敵軍;如何在遇到強大不可抵抗的敵軍時，隱遁保全自己的部隊;如何呼風喚雨為我所用;如何對世間的事物進行預測……
解放戰爭初期，閻錫山的部隊大舉進攻延安，毛澤東隻好帶著他的中央機關轉移(逃跑)。
當毛澤東跑到一個歧路口時，便指揮部隊走東邊的一條路，並於路邊立了一塊：『毛澤東由此向東』的牌子，看到牌子，追上來的敵兵一下子不知所措了，毛澤東也就順利地擺脫了敵人的追擊。
後來聽人們說，毛澤東身邊有懂『奇門遁甲』的人。
毛澤東所走的那條路，剛好上臨丙奇與九天，下臨生門，時間、空間的交匯形成了一個盲點。
在盲點上人們容易產生視而不見之狀況，好象大腦思維突然停滯了一樣。